La certificación es un procedimiento por el cual un tercero (entidad pública o privada) emite una garantía por escrito de que un sistema de organización, un proceso, una persona, un producto o un servicio se ajusta a los requisitos especificados en una norma o estándar. La certificación se concede por un tiempo limitado, durante el cual el organismo certificador ejerce una vigilancia.
La certificación ecológica (junto al actual sistema de etiquetado) es, para muchos, la mejor garantía de que los alimentos ecológicos se han producido o elaborado bajo estándares de calidad unificados. En España, esta certificación está respaldada por un organismo o entidad de certificación autorizada por el Ministerio de Agricultura. Esta certificación, que deben pagar los productores, también tiene sus detractores. En los últimos años es frecuente oír hablar de “certificación participativa”, que viene a ser un sistema de confianza establecido entre productores y consumidores para "certificar" que los productos son ecológicos sobre la base de unos parámetros establecidos de mutuo acuerdo entre las dos partes. Estos parámetros normalmente tienen en cuenta factores no incluidos en la normativa como las condiciones laborales o la implicación social del productor.